2015年开始，为帮助小微企业、优秀创业团队购买创新资源及科研服务，北京市科委和财政局共同组织推出 “首都科技创新券“。该项工作的开展是推动北京市建设全国科技创新中心，促进小微企业与高等学校和科研院所之间的产学研用合作的重要举措。

北大孵化器成为首批获得推荐机构资格认定的三家传统孵化器之一。北大孵化器本次获得市科委认定，正是由于一直以来坚持开展以科技成果转化与落地为核心的专业服务业务、以孵化投资为核心的产学研用高端经营业务、以构建创新创业生态环境为核心的公共服务平台业务。入孵的企业科技含量高，既有北京大学“作为心血管疾病模式动物的基因工程仓鼠产业化项目”、“智能假肢研发项目”、“高亮度、大功率GaN基薄膜型LED芯片项目”等优质科研成果产业化项目，也有“牛奶体细胞检测”、“智能视频分析技术”、“北大互联网金融众筹平台”等大学生及海归人才的科技创新项目。

作为专业服务推荐机构，北大孵化器已经制定了《科技创新券实施管理办法（试行）》，明确遴选小微企业和创业团队的标准、保障工作顺利开展的工作机制和措施。截至目前，共申请首都科技创新券51万，按照严格的审核程序分别派发给询达科技、欣方悦医疗科技、邦尔测科技等研发测试需求较大的7家创业企业。